一、强奸罪与非罪的认定
强奸罪与非罪的界限，要注意把握以下几点：
（一）未婚男女恋爱中的性行为
（1）男方征得女方同意，不违背女方意志发生的性行为，不以犯罪论处。（2）男女双方虽有一定感情基础，但未征得女方同意的情况下，采取暴力、胁迫或者其他手段与女方发生性关系，如果女方提出控告的，应当以强奸论，因为提起控告说明其行为已违背了女方的意志，符合强奸罪的构成要件。但女方未提出控告，表示原谅男方并继续保持恋爱关系或虽然提出了控告，然后又主动要求撤回控告，并表示愿与男方继续保持恋爱关系的，对男方不宜以强奸罪治罪。（3）有的男子如果品质恶劣、道德败坏，以恋爱为名，诱奸妇女的，由于其未使女方完全丧失选择是否与男方发生性关系的自由，因此，对之也不能以强奸罪论处，即使构成犯罪，也应以相关的他罪来处理。
另外，根据司法解释，未成年少男在恋爱中偶尔与幼女发生性行为的，因其情节显著轻微、社会危害性不大，往往不看做是犯罪。
（二）通奸后的性行为
通奸，即男女双方没有夫妇关系而发生性关系的行为，多指有配偶的男女双方之间或者已有配偶的一方与他人之间，自愿发生不正当性关系的行为，自然不会违背妇女的意志从而不能以强奸罪论。但在通奸以后，妇女自愿与行为人发生性关系的意愿发生了变化，不再同意与之发生性关系，此时，行为人如果采取了暴力、胁迫或者其他手段如要把通奸行为泄露出去，而与该妇女发生性关系的，则应以强奸罪追究行为人的刑事责任，而不能再以通奸论。还有一种情况，行为人第一次与女方发生性关系属于强奸，但女方并不告发，并且自愿再与其发生了性关系，有的还发展成恋爱关系甚或通奸关系的，这说明妇女的意志从不愿到自愿已发生了变化，从而使案情的性质亦发生了变化，因此对之也不宜以犯罪论处。
（三）利用从属教养关系及职权所发生的性行为
如果利用自己与被害人的关系如从属、教养关系或职权迫使妇女就范（如养父以打骂、虐待、克扣生活费或者断绝生活来源，迫使养女忍辱从奸的；利用职权，该办的不办，不该剥夺的加以剥夺），都应属于违背妇女意志的胁迫手段，对之应当以强奸论。但行为人仅是利用职权诱惑，女方为了谋取私利不惜以出卖肉体为代价而发生性关系的，属于相互利用，不应以强奸罪治罪。根据刑法第259条第2款规定，利用职权、从属关系，以胁迫手段奸淫现役军人的妻子，依照刑法第236条的规定即强奸罪定罪。如何认定利用职权、从属关系胁迫现役军人的妻子，与认定利用职权、从属关系胁迫其他女性一样，没有什么区别，对于不足以体现违背妇女意志的，如仅是利用职权引诱，军人的妻子为了获得某种利益而自行同意的，同样不能以强奸论。
（四）关于奸淫精神病人和呆傻人的问题
对于精神病人包括正在发病期间的间歇性精神病人，由于其已丧失辨认和控制自己行为的能力，已经不存在意志，这时对之无论采取什么手段，妇女是否同意，与之发生性关系的行为都应视为违背妇女意志而以强奸。如果还存在辨认和控制自己行为的能力，除非使用了强奸罪的强制手段，否则不能以强奸罪定罪科刑。应当注意的是，只有行为人明知妇女属精神病人或程度严重的呆傻妇女并利用这种条件进行奸污的才能以强奸论。但对于原本不知情，在与妇女发生性关系期间认识到的，仍以强奸罪论处，但这应属于酌定的从轻或减轻情节。
（五）对“半推半就”的奸淫行为的认定
“半推半就”是就妇女的意志而言，即妇女对男方要求性交的行为，既有不同意的表示——推，也有同意的表示——就，这是一种犹豫不决的心理；也可能表现为违心的允诺、委屈的许可、无奈的顺从、被迫的同意等矛盾心理。在妇女犹豫不决或者心理矛盾时，男子实施了奸淫行为。在这种情况下，仍应正确判断行为人的行为是否符合强奸罪的犯罪构成。如果行为人认为自己的行为并不违背妇女的意志，把妇女“推”的表示视为妇女羞愧的表现，又没有明显使用暴力、胁迫等手段的，就不能认定为强奸罪。反之，如果行为人明知自己的行为违背妇女的意志，实际上也违背妇女的意志，又使用暴力、胁迫等手段强行与妇女性交的，则构成强奸罪。当然，对此类案件应当慎重，要全面查清有关案情，如男女双方平时的关系怎样，性行为发生的时间、地点、环境条件如何，行奸后妇女的态度如何，该妇女的道德品行、生活作风情况等等后以作出实事求是的正确判断，切忌草率从事。如果查明“就”是主要的，则属假推真就，这时不能视为违背妇女意志而以该罪治罪科刑。反之，“推”是主要的，即“假就真推”，则应认定为违背了妇女的意志，应当以强奸罪论处。
（六）利用职权的强奸与基于互相利用的通奸
利用职权进行胁迫，违背妇女意志与妇女性交的，构成强奸罪。男女双方互相利用，各有所图，女方以肉体作为换取私利的条件，从而性交的，属于通奸行为，不能按强奸处理。而医生利用职权奸淫患病妇女的，应当具体情况具体分析，如果是以不给其作认真治疗、故意推迟治疗时间等作要挟迫使妇女就范的，则应视为以威胁手段强奸妇女。以治疗为借口而与妇女发生性关系而妇女不知实情的，也应以强奸罪论处。
（七）包办买卖婚姻中的性行为的认定
有的妇女出于父母包办，不情愿地同男方登记了结婚，但拒绝发生性关系，男方于是强迫与之发生性关系的，不宜以强奸论，情节恶劣且女方根本不承认婚姻关系成立要求解除的，可按暴力干涉婚姻自由罪或虐待罪治罪。向有关机关提出撤销其婚姻关系的情况下，仍然采取暴力、胁迫或者其他手段强行奸淫的，一定条件仍可构成强奸罪。
（八）早熟幼女谎报年龄，自愿与行为人发生性关系的
行为人如果确实不知按当时情况也不可能知道的，对之是否定罪，有不同看法。有的认为应当构成犯罪，但可酌情从轻或减轻处罚；有的认为一般要构成犯罪，但如果男方年龄也很年轻，双方如是在恋爱中自愿的，则不追究刑事责任。此时，由于行为人确实不知道对方是幼女，主观上既无强行奸淫的故意，又无利用幼女无知进行奸淫的故意，不符合强奸罪的主观构成条件，不能构成强奸罪。
（九）关于“婚内强奸”，是否能够构成强奸罪
这里，我们采取折中说的观点，认为一般情况下，丈夫与妻子发生性行为不构成强奸罪，但有如下两种例外：（1）男女双方虽已登记结婚，但并无感情，并且尚未同居，也未发生性关系，而在女方坚决反对时，男方强行发生性关系的。（2）夫妻感情确已破裂，并且长期分居，而丈夫进行强奸的。
二、强奸罪与其他罪的认定
（一）强奸罪与强制猥亵、侮辱妇女罪
从犯罪构成上看，两者有如下区别：
1、 主观故意内容不同：两罪区别的关键是在于行为人是否有奸淫的意图。强制猥亵、侮辱妇女罪不具有强行奸淫的目的。强奸罪则以强行奸淫为目的。主观上不同的故 意和犯罪目的决定了两罪在客观上虽有相似性的性行为，但决不是完全相同的目的。前者是行为人以通过性器官接触以外的其它性行为来达到性满足的行为，是针对 妇女实施的能够使行为人或第三者受到性欲上的刺激、兴奋、满足的除性交以外的性行为
2、客观方面表现不完全相同：强制猥亵、侮辱妇女罪是对妇女强行实施性交以外的猥亵行为，而强奸罪则是要求强行与妇女发生性交。
另外，两罪在处罚上存在差异。强奸罪依据我国刑法有三年以上十年以下、十年以上、无期、死刑这几档刑罚；强制猥亵、侮辱妇女罪则在五年以下予以定罪处罚。可见，从立法的量刑上，两罪存在着巨大差异。
（二）强奸罪与侮辱尸体罪
这两者的争议主要存在于行为人出现认识错误的案件当中。司法实践中，曾有这样的案例：张三是某市殡仪馆的工作人员，某日见推入一面容清秀的女子，遂起歹 意，对尸体进行了奸淫，在他实施完毕后，尸体突然动了。在这种情况下，关于是定张三强奸罪还是侮辱尸体罪，法院有不同的意见。有人认为应该以客观定罪，不 能让妇女“白白”受到奸淫；也有些人认为应该从主观定罪，张三不构成犯罪。个人认为应采取折中说（主客观相统一），由于在此案中，张三不存在强奸的故意， 故不应认定为强奸罪；而对于侮辱尸体罪，张三属于对象不能犯未遂。而对于妇女本身的损害，可以对张三和误将她推入停尸房的人提起民事诉讼。
另外，行为人采取暴力手段强奸妇女致其死亡，或者遭遇反抗将其杀害后又奸尸的，奸尸这一侮辱行为应为强奸行为所吸收，不再成立独立之罪。
（三）强奸罪与嫖宿幼女罪
强奸罪的非典型强奸行为即奸淫不满14周岁的幼女行为与嫖宿幼女罪的嫖宿幼女行为在客观方面均可表现为行为人与幼女发生性关系的行为，但性质却不相同，主要体现在：
1、主体不同。前行为的主体为男子，具有刑事责任能力年满14周岁即可；后行为的主体为男子，具有刑事责任能力需年满16周岁才能构成其罪，也就是年满14周岁不满16周岁的人可以成为前行为的主体而构成强奸罪，但不能成为后行为的主体而构成嫖宿幼女罪。
2、主观方面不同。前行为的主观方面表现为明知对方不满14周岁的幼女而对之奸淫；后行为的主观方面表现为明知对方是不满14周岁的幼女且为卖淫女而对之嫖宿。
3、 行为方式不同。前行为方式表现为与非卖淫的幼女发生性关系的行为。此时，即使给了幼女一些财物，也不影响其奸淫幼女的性质；后行为的方式则为与卖淫幼女发 生性关系，即该性交行为是基于男方承诺给卖淫幼女钱财为前提。后来，男性即使没有按承诺付给幼女钱财，对之也不能以奸淫幼女论。
4、行为地点往往不同。奸淫幼女一般发生在家里、山上等不易让人发现的地方，具有隐秘性；后行为的地点一般发生在宾馆、歌厅、发廊等服务场所，常常有人知道其间的嫖宿、卖淫行为。
5、行为对象不同。前行为的对象为非卖淫幼女；后行为的对象则为卖淫幼女。卖淫幼女，是通过自己与异性发生性关系的行为获取金钱、物质等利益的幼女，具有利益的趋动性。
6、侵害的客体不同。前行为所侵害的客体为幼女的性自由权利及身心健康；后行为所侵害的客体则主要是社会管理秩序及道德风尚。
7、 处罚不同。根据刑法第360条第二款，嫖宿幼女的，判处五年以上有期徒刑，并处罚金；而对于强奸罪，根据第236条，强奸罪一般判处三年以上十年以下有期 徒刑。而对于存在加重情节的【(一)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的(二)强奸妇女、奸淫幼女多人的(三)在公共场所当众强奸妇女的(四)二人以上轮奸的 (五)致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的】，处十年以上有期徒刑，无期徒刑或死刑。由法条规定，可能会得出嫖宿幼女罪反而比强奸罪受到更重的刑事处罚，这是我国关于强奸罪的立法需要考虑改良的地方。