关于高速公路上限速80但车主实际以90的速度通行的情况，依照相关法规判定，这属于超速且尚未达到20%的违法范畴。
这种违法行为将被扣除3分。
具体来说，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》以及《道路交通安全违法行为记分规则》中的相关条文规定，对于机动车驾驶员在高速公路、城市快速路等非规定道路上行驶过程中，其所驾驶的中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆或其他机动车辆的行驶速度超过法定时速达不到20%的，将面临一次性扣3分的处罚决定。
一般的高速公路违规情况是这样的，如果汽车速度超出限定的速度未满10%的话，将会进行警告；
而要是在限速为50公里以下的道路，当汽车速度超过限定时速10%又不足20%的话，会有50元的罚款；
若超出限定时速20%但低于50%的话，罚款金额则是100元；
若超出限定时速50%但低于70%的话，罚款金额为300元；
最后，倘若超出限定时速70%的话，罚款金额值为500元。

《道路交通安全违法行为记分管理办法》第三条
机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记3分：
（一）驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车以外的载客汽车载人超过核定人数未达20%的；
（二）驾驶中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶或者驾驶其他机动车行驶超过规定时速未达20%的；
（三）驾驶货车载物超过核定载质量未达30%的；
（四）驾驶机动车在高速公路上行驶低于规定最低时速的；
（五）驾驶禁止驶入高速公路的机动车驶入高速公路的；
（六）驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的；
（七）驾驶机动车行经人行横道，不按规定减速、停车、避让行人的；
（八）驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示的；
（九）驾驶机动车不按规定超车、让行的，或者逆向行驶的；
（十）驾驶机动车违反规定牵引挂车的；
（十一）在道路上车辆发生故障、事故停车后，不按规定使用灯光和设置警告标志的；
（十二）上道路行驶的机动车未按规定定期进行安全技术检验的。