针对持有驾驶证且已累积计满12分的驾驶员，根据相关法律法规，公安机关交通管理部门需做出以下处理方式：
首先，机动车驾驶者在同一记分周期内累计分数超过12分的话，公安机关交通管理部门有责任依法扣留其机动车驾驶证，同时向其发放相应的强制措施凭证；
其次，还需向当事人发送满分教育通知书，督促其参与相关的满分学习和考试。
其次，对于临时入境的机动车驾驶员，若在此期间累积得分达到或超过12分的，公安机关交通管理部门则必须告知相关机构，吊销其临时机动车驾驶许可证，同样需要向当事人发送满分教育通知书。
最后，若机动车驾驶人在实习期内因为违反交通规则而出现了积分累积达到12分的情况，公安机关交通管理部门有权直接注销其实习阶段的准驾车型驾驶资格。

《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十七条
机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分满12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证，开具强制措施凭证，并送达满分教育通知书，通知机动车驾驶人参加满分学习、考试。
临时入境的机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分满12分的，公安机关交通管理部门应当注销其临时机动车驾驶许可，并送达满分教育通知书。