关于醉驾案件起诉后，若经法院判决免予刑事处罚是否会留下案底纪录的问题，答案为肯定的。
尽管最终未受到刑事制裁，但相关的犯罪事实仍然会被详细地记录在案中。
所谓案底，通常含意着犯罪记录，这是对于犯罪行为的一种客观记载。
法院所作出的免于刑事处罚的决定，并不能消除犯罪事实的存在和影响。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条
【未成年犯罪人犯罪记录的封存与查询】犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。