可以认定为特许经营合同纠纷。

加盟商签订的合同虽名为《合作合同》《服务协议》《咨询协议》，但其内容约定公司为加盟商提供理论与实际操作培训、前期运营的指导、后期运营咨询，加盟商支付服务费后获得公司的日常经营管理专业服务及市场营销、广告宣传等支持等，符合商业特许经营的法律特征，故可以认定本案属于特许经营合同纠纷。

《商业特许经营管理条例》第三条
商业特许经营，是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业（以下称特许人），以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者（以下称被特许人）使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。