不管多少金额，法院都会立案，因为民事权利是以维权为目的，立案要求与款项数额没有直接关系，法理上推论是只要有侵权事实存在就应立案，比如有些民事权利而没有金钱的给付义务，同样在民事法律调整的范围。
但是，在诉讼中是有法律成本的，一是当事人的成本，起诉须承担诉讼费的基本起步费用，当事人须考虑是否得不偿失；
二是司法成本，即法律资源的占用，司法机关须将有限的司法资源运用到需要法律调整的地方与对象。
所以数额太少是不予立案的，这还未见统一规定，但有的地区内部掌握是1000元至3000元为立案基点。

《最高人民法院关于人民法院审理借贷案件的若干意见》第十条
原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款或者其他债务的，被告应当对其主张提供证据证明。
被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的成立承担举证责任。