按照民法规定，若民事法律行为涉及到违反法律以及行政法规所规定之强制性义务，或者出现了背离社会公共秩序、善良风俗等严重违规现象，抑或是行为人与相对当事人恶意勾结，以期对某一特定主体的利益造成侵害，则此类民事法律行为将被视作无效行为。
就此而言，借款协议，这一民事法律行为的范畴之内，如果在条款设置或者签署过程中触及以上述违法违规情况，我们便可据此将该份借款协议评定为无效合同。
然而，对于能否在合同内容中明确约定借款协议为无效这个问题，则需结合借款协议的详细内容和签署情境进行分析。
若借款协议内容或签署过程的确显露出上述无效情况，依据相关法律规定，借款协议将会被确认为无效。
反之，若是借款协议内容和签署过程紧密符合法律规范，并未出现任何违反上述法律规定的情况，那么这份借款协议便是具有法律效应的，根据法律规定，不能在协议中预先约定其无效。
所以，关于能否在借款协议中约定借款协议无效这个问题，必须严格根据借款协议的各种实际情况以及相关法律规定来做判断。
若借款协议本身即具有无效特征，我们甚至无需通过约定的方式，亦可直接认定其无效。
相反地，若借款协议属有效合同范畴，那么只有当具备法定的无效情形，方得以认定其无效。

《中华人民共和国民法典》第一百五十三条
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。