三岁小孩的抚养权通常会归母亲所有。
然而，父亲拥有大额债务并不能直接决定抚养权的归属。
法院在作出抚养权判定时，会全面考量父母双方的抚养能力以及抚养条件等多方面因素。
假如父亲虽然背负着债务，但他具备足够的抚养能力和良好的抚养条件，并且母亲存在不利于抚养小孩的情况，比如患有严重疾病等，那么抚养权也有很大可能会判给父亲。
通常来讲，三岁的小孩跟随母亲生活更有利于其成长，这是因为母亲在照顾小孩的日常生活等方面往往具有天然的优势。
同时，父亲的债务问题可能会对其日后的抚养能力和经济状况产生影响。
如果债务给父亲的生活带来了重大的影响，比如导致经济状况恶化，无法为小孩提供良好的生活和教育条件，那么这在抚养权的判定过程中就可能会成为一个重要的考量因素。
总之，三岁小孩的抚养权归属是一个复杂的问题，需要根据父母双方的实际情况，由法院进行综合的判定，以确保小孩能够得到最适合其成长的抚养环境。