在夫妻离婚案件中，为收集有效证据以证明夫妻分居的事实，建议参考如下几个层面进行操作：
首先，根据实际情况，当事人可与配偶协商后共同签署正式的分居协议，以此明确表达双方关于分居及分离期限的意见；
其次，可提供在外单独居住的相关证据，如租房合同以及交纳水电费等公共事业费用的凭据，用以印证自身单人独立生活的现实性；
再者，可向当地社区居民委员会或物业管理公司出具书面居住证明文件；
此外，若有必要，还可提供与亲朋好友往来的书信、短信以及聊天记录，作为证据来证实分居状况的存在；
最后，若涉及到与配偶因工作关系产生的分居，则可获取雇主单位的相关证明材料，例如出差申请、异地工作安排等。
在此过程中，务必确保所收集证据的真实性、合法性以及与待证事实之间的紧密联系。

《中华人民共和国民事诉讼法》第六十六条
证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。