在夫妻分居长达两年之后，为了顺利完成离婚证书的发放程序，主要有两大路径供选择。
首先，若两方能够达成共识并对此达成统一意见，同时决定前往婚姻注册部门进行离婚登记，那么经过为期30天的离婚冷静期之后，双方亲自赴婚姻注册部门提交申请，请求颁发离婚证书。
若两者无法协商达到一致，或其中一方坚持反对离婚，那么另一方可以选择向法庭发起离婚诉讼，由司法机关依法做出裁决。
在法庭审理案件期间，将会充分借鉴、权衡双方感情是否已无可挽回地破碎这个重要因素，通常情况下，分居两年的事实便可被视为判断感情破裂的一个关键证据。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。