在夫妻间达成分居协议的离婚案件中，分居时间的判定主要以双方当事人确实处于分离居住以及停止共同生活为基础。
一般而言，是从双方明确表达分居意愿并且实际开始分离居住的那一天开始进行计算的。
需要特别强调的是，这种分居行为必须是由于情感方面的矛盾冲突所引发的结果，而不是仅仅因为诸如工作或学业等外在因素。
在具体实践过程中，为了证明分居时间的存在性，需要向法院提交相关的证明材料，比如租赁协议、社区委员会的记录、现场证人的陈述等等。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。