1、夫妻因感情不和分居满二年，则可以确定夫妻感情破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。分居两年诉讼离婚的条件在于是否感情不和导致的分居，非感情不和的分居，法院一般不会准予离婚。
2、因此，分居两年自动离婚是不合法的。正确的解除婚姻关系只有两种途径：到婚姻登记管理机关办理离婚手续，或到人民法院通过判决或调解解除婚姻关系。否则就算分居多年，在法律上也还是婚姻关系。

《民法典》第一千零七十九条
第一、二款的规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。