商品房预售合同登记备案作为一种特定类型的不动产登记制度，其主要功能是保护和保障购房者在未来可能出现的不动产物权变动过程中的各项权益。这种登记方式赋予了购房者针对争议房产的主张权利，使其能有效地抵抗来自任何第三方的不当干涉和侵害。
具体来说，房地产开发公司在完成商品房预售备案登记后，便不得擅自将已进行预售登记的房产再次出售或者抵押。若开发商违反相关规定，将此次预先出售或设定抵押的房产转卖或再次抵押给第三方，那么这个第三方无法通过正式的不动产登记流程获得产权，并且先前预设的抵押权也无法对购房者行使的预售登记权利构成对抗。

《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条当事人以商品房预售合同未按照法律、行政法规规定办理登记备案手续为由，请求确认合同无效的，不予支持。当事人约定以办理登记备案手续为商品房预售合同生效条的，从其约定，但当事人一方已经履行主要义务，对方接受的除外。