商铺在申请办理房地产权证期间所需支付的相关税费大致包括以下几个方面：
首先是契税，它的比例为总交易额的1.5％；
其次是印花税，其比例为总量的0.1％；
再次是关于商品房屋的营业税，若该物业份证颁发日期距离现在未超过两年，需按照成交价格向国家支付5.5％的营业税；
然而，若是取得房产证已满两年的普通住宅性质物业则无需支付这笔款项，但对于非普通住宅性质的物业而言，需要根据出售价格和购买价格之间的差异，按5.5％的税率来支付相应的营业税收。

《城市房地产管理法》第六十三条
经省、自治区、直辖市人民政府确定，县级以上地方人民政府由一个部门统一负责房产管理和土地管理工作的，可以制作、颁发统一的房地产权证书，依照本法第六十一条的规定，将房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权的确认和变更，分别载入房地产权证书。