若在签署位于违法搭建房产的商铺租赁协议前，房东未能如实披露相关事实，租户有权根据实际情况要求房东退赔全部租金，同时承担相应的经济损失补偿事宜。
若双方未能就此问题达成一致共识，租户可选择向当地司法机构提起诉讼，以维护自身合法权益。
由于房东在签订合同时实际存在故意隐瞒店铺为违章建筑的不当行为，且该行为已构成违约，故需要就此对租户作出合理的经济赔偿。

《商品房屋租赁管理办法》第二十一条
违反本办法第六条，规定的，由直辖市、市、县人民政府建设(房地产)主管部门责令限期改正，对没有违法所得的，可处以五千元以下罚款；对有违法所得的，可以处以违法所得一倍以上三倍以下，但不超过三万元的罚款。