关于购房协议违约利息的计算方法，主要取决于协议书中是否有明确的约定。
如果协议书已经明确列出了违约利息的计算规则以及适用的利率标准，则应当按照该约定予以实施。
然而，若协议书并未对此作出详细说明，根据我国现行法律法规以及司法实践的规定，违约利息可能会参考中国人民银行同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率（LPR）进行计算。
此外，对于违约利息的起始日期，一般来说是从违约行为正式发生的那一天开始计息。
值得指出的是，在法院受理类似案件进行审理时，会全面考虑到违约方的过失程度、实际损失、合同的履行状况等多方面因素，对违约利息进行合理的调整，以保证审判结果的公平公正性。
总的来说，具体的违约利息计算方式需要依据具体的案件情况以及相关的证据材料来加以确定。