贷款仍由目标公司来还，因为股权转让仅仅是股东权利的变化，不影响公司对外权利义务的变化。
如果以前的贷款，是有限公司以前的法人代表和股东作出的决定和决策。签署的贷款协议。
那么有限公司变更了法定代表人和股东，以前的银行贷款和担保，原法定代表人和股东当然还有责任。如果这笔贷款造成巨大损失。可能还要追究原法人代表和股东的刑事责任。
如原股东对该贷款进行隐瞒，导致股权交易价格失衡，则新股东可要求原股东承担违约金等赔偿责任，情况严重的，可解除合同。

《公司法》第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。