关于分公司及企业所得税的缴纳问题，总共有两种主要的处理方式可供选择：
首先是“独立申报纳税”，在此模式下，只要分公司满足独立核算的资质要求，就应当单独对自身所产生的企业所得税进行申报缴纳，同时需遵循经营所在地的企业所得税税率以维持业务正常展开。
另外一种方式则是“汇总缴纳”，适用于总公司和分公司并非位于同一税收管辖区域的情况，或是当总公司尚未设立固定的机构或场所时，分公司应按照本地税务机关的规制自行向所在地的税务部门进行申报，亦或在获得批准之后将相应数据汇总至其总公司所在地方的主管税务机关进行纳税申报。
值得强调的是，此时分公司无法享受小型微利企业所带来的各类优惠政策，除非其本身满足小型微利企业的相关标准条件且已被总公司进行了充分的汇总处理。而对企业所得税计算的基本准则为企业的应纳税所得额，这也即是年度内所有收入扣减各项合理开支后剩余的利润部分。对于分公司而言，他们必须按期向本地税务机构进行企业所得税登记以及缴纳工作，并且在每一个纳税期间内预先支付一定数额的税金，同时在年度末期负责向税务部门提交企业所得税申报表格以便结算应付的各类税款。具体缴纳的周期可以分为按月缴纳和按季度缴纳两种类型，具体的缴费时间节点因企业的实际运营状况以及各地税务部门的具体规定有所不同。而缴纳金额的所在地往往就是分公司所在区域的税务机关。

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。