通常来讲，在车祸的处理过程中，三期鉴定的费用一开始是由申请人先垫付的。
依据相关的法律条文，要是因为交通事故之类的情况而需要进行伤残评定、三期鉴定以及其他司法鉴定的话，这笔费用就得由申请做鉴定的那一方先把钱给交了。
等鉴定结论出来之后，如果责任方对这个鉴定结论没有任何异议，那么这笔费用就由责任方来承担；
要是责任方对鉴定结论有不同意见，经过重新鉴定之后，如果新的鉴定结论和原来的鉴定结论是一样的，那么鉴定费用就由有异议的那一方来承担；
要是新的鉴定结论和原来的不一样，那么鉴定费用就由原来做鉴定的机构来承担。
总之，三期鉴定费用到底由谁来承担，得根据具体的实际情况来确定，这样才能更好地保障各方的合法权益。