当车主全责致使他人住院时，保险公司的赔偿通常会按以下步骤来执行：
首先，交强险会发挥作用。
交强险在医疗费用赔偿限额为1.8万元的范围内，会先行给予赔偿。
这就为受伤者的医疗费用提供了一定的保障基础。
接着，对于超出交强险赔偿限额的那部分费用，就由商业第三者责任险依据保险合同的约定来进行赔偿。
保险合同中明确规定了商业第三者责任险的赔偿范围和比例等相关内容。
再者，若住院费用经过医保报销之后还剩余部分，保险公司一般会按照保险合同所约定的赔偿比例来进行赔付。
通常情况下，这个赔偿比例大概在80%-90%左右，但具体的比例还是得依据保险合同来确定。
因为不同的保险合同可能会有细微的差别。
同时，保险公司在进行赔偿时，会扣除医保目录之外的费用以及一些非合理的费用等。
这是为了确保赔偿的合理性和公正性。
在此过程中，车主需要妥善保留好住院费用的发票、病历等相关资料，这些资料对于车主向保险公司申请理赔是非常重要的依据。
只有准备齐全了这些资料，才能更顺利地完成理赔工作。
总之，保险公司的赔偿必须依据保险合同以及相关的法律法规来进行。
车主也应该及时通知保险公司，并积极协助保险公司开展理赔工作，以保障自身的合法权益。

案情回顾:

小朱驾车全责致使小李住院，产生高额住院费用。交强险在1.8万元医疗费用限额内先行赔偿，超出部分按商业第三者责任险合同赔。医保报销后剩余费用按合同约定比例赔付，保险公司扣除非医保及不合理费用，争议点在于非医保费用扣除是否合理。

案情分析:

1、交强险的赔偿是法定的基础保障，在限额内赔偿能及时缓解伤者医疗费用压力，保障其基本救治需求。
2、商业第三者责任险按合同赔偿，体现了保险合同的契约性。对于医保报销后剩余费用按比例赔付，需依据具体合同确定比例，确保赔偿合理。
3、保险公司扣除非医保及不合理费用，虽旨在保证赔偿公正性，但扣除标准可能存在争议，需按合同及法规判定。