一次性就业补助金的协商金额，通常情况下是有效的。
这是因为，当双方在平等、自愿的基础上展开协商，并最终达成一致意见时，此协商金额在法律层面是具有约束力的。
不过，在协商过程中，有一些要点需要特别关注：
1.协商内容必须符合法律法规规定。
任何违反强制性法律规定的协商内容，都有可能致使协议无效。
比如，不能约定低于法定标准的补助金额等。
2.要确保协商过程真实、公平。
若一方存在欺诈、胁迫等不当情形，使得协商过程失去真实性或公平性，那么另一方有权申请撤销该协议。
例如，一方故意隐瞒关键信息诱导对方协商。
3.协议最好采用书面形式。
明确约定一次性就业补助金的具体金额、支付方式（如现金支付、银行转账等）、支付时间（具体到某年某月某日）等重要条款，这样能有效避免后续可能出现的纠纷。
总之，协商金额在符合法律规定且体现双方真实意思表示时有效，但要留意相关法律风险。

案情回顾:

小朱与小李解除劳动关系后协商一次性就业补助金，小朱称工作不便未查看法定标准便匆忙与小李商定低额补助金。小朱后知晓法定标准远高于协商金额，认为协商不公平，要求重新协商，小李拒绝，双方产生争议。

案情分析:

1、此次协商虽表面是双方达成一致，但约定金额低于法定标准，违反法律法规规定，该协商内容可能无效。
2、小朱在未充分了解情况下匆忙协商，小李若存在故意不告知法定标准等诱导行为，使协商失去公平性，小朱有权申请撤销该协议。
3、双方若未采用书面形式明确金额、支付方式和时间等条款，也是导致后续纠纷的隐患。