工程违约金主张时效从违约的第一天开始计算，也就是超过合同约定日期的第一天。
违约行为发生之日，违约金的诉讼时效亦开始起算。其后续时间对债权构成或数额变化不产生任何影响，无须时间补充即告成立和完成。
违约金主张一旦超过追诉的有效区间，就失去了追索权。如果是在工程延期竣工后三年后，追索权已经失效。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。