房产实际出资人证明协议在特定条件下是有效的，以下为您详细分析：
一、主体适格
签订房产实际出资人证明协议的各方，必须具备相应的民事行为能力。
这意味着他们要能够独立地实施民事法律行为，清楚地知晓自己行为的法律后果。
若主体不适格，协议的效力可能会受到影响。
二、意思表示真实
协议内容应当是各方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等使意思表示不真实的情况。
在实际生活中，欺诈可能表现为一方故意隐瞒重要事实或者提供虚假信息，诱导他人签订协议；胁迫则可能是通过威胁、恐吓等手段迫使他人违背自己的意愿签订协议。
只有确保意思表示真实，协议才具有可靠性。
三、内容合法
协议内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
如果协议内容违法，那么即使签订了协议，也不会得到法律的支持。
若满足以上条件，协议对签订各方具有法律约束力。
不过要注意，房产所有权通常以登记为准，实际出资人证明协议无法直接改变房产的物权归属。
当发生纠纷时，实际出资人可依据协议主张相应权利，如要求登记权利人协助办理产权变更等。

案情回顾:

小朱与小李签订房产实际出资人证明协议，约定小朱实际出资购房但登记在小李名下。后房产增值，小李欲否认协议，不愿协助小朱办理产权变更，双方产生争议，焦点在于该协议是否有效。

案情分析:

1、主体适格方面，若小朱与小李均为完全民事行为能力人，能独立实施民事法律行为，知晓行为后果，则主体适格，协议效力不受此影响；若存在限制民事行为能力人，且行为超出其能力范围，则协议效力存疑。
2、意思表示真实方面，若签订时无欺诈、胁迫等情况，是双方真实意愿体现，则协议可靠；反之，若一方存在欺诈、胁迫行为，协议效力会受影响。
3、内容合法方面，若协议未违反法律法规强制性规定和公序良俗，不用于规避限购政策等，则协议有效；若违法，则不会获法律支持。