公司合同补充协议通常具备法律效力。
首先，它必须是双方真实意愿的体现，这意味着双方在签署协议时是出于自身的真实想法和意图，没有受到任何外界的强迫或误导。
其次，补充协议不能违反法律法规的强制性规定，比如某些特定行业的法规、税法等，必须在法律允许的范围内进行补充和变更。
同时，也不能损害国家、集体或第三人的利益，要确保整个合同体系的合法性和公正性。
一般而言，补充协议应当清晰地约定补充的具体内容以及变更的条款等细节，这样才能与原合同共同构成一个完整且有序的合同体系。
双方在签署补充协议后，应当严格按照约定履行各自的义务。
如果一方未能履行义务，就可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任，如支付违约金、赔偿损失等。
然而，倘若补充协议存在欺诈行为，即一方故意隐瞒重要事实或提供虚假信息，使对方在不知情的情况下签署协议；或者存在胁迫情况，如通过威胁、恐吓等手段迫使对方签署协议，那么这样的补充协议很可能会被认定为无效。
总之，公司合同补充协议在满足法定条件的情况下是具有法律效力的，但具体的法律效力还需要根据实际的合同内容以及相关的法律规定进行细致的判断和分析。

案情回顾:

小朱所在的公司与小李的公司签订了一份合同。之后，双方欲签订补充协议。小朱公司的小胡在与小李协商补充协议时，隐瞒了一些重要事实。小李不知实情与小朱公司签订了补充协议。后小李发现真相，认为补充协议应无效，小朱公司则认为协议有效应履行。

案情分析:

1、若小胡故意隐瞒重要事实属实，根据相关规定这属于欺诈行为，此补充协议可能被认定无效。
2、小李在不知情情况下签署，并非其真实意愿体现，不符合补充协议具备法律效力的条件。