阿里医药通常情况无法使用医保卡支付款项，这主要是由于其现阶段暂未开通医保卡支付功能，客户仅能选择通过支付宝或者银联信用卡等方式进行付款结算。
然而，当下已有部分地区开始试行试点工作，使得阿里健康大药房允许消费者在电商平台上利用医保卡进行在线支付购买药品。
针对这些已经实行医保线上支付的地区，在阿里药房购药时便可使用医保卡来支付费用。

《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。