在现实生活中，当男女双方没有结婚证时，涉及到两个孩子抚养权归属问题，通常会依据以下原则来确定：
一、哺乳期内子女抚养权归属
哺乳期内的子女，一般是随母方生活。
这主要是考虑到哺乳期的孩子对母亲的生理和心理依赖更强，母亲的照料更有利于孩子的健康成长。
然而，若母方存在一些不利于子女身心健康的情形，比如患有久治不愈的传染性疾病，这种情况下孩子就可能随父方生活。
因为这些疾病可能会对孩子的健康造成严重威胁，而父方若有更适宜抚养孩子的条件，将抚养权判给父方则更为合适。
二、哺乳期后子女抚养权归属
1.双方协商：父母双方可以通过友好协商的方式来确定两个孩子的抚养权归属。
只要双方协商达成的抚养协议不违反法律规定，那么该协议一般是有效的。
双方可以根据自身的实际情况和孩子的需求，合理安排孩子的抚养问题。
2.法院判决：若双方无法协商达成一致，法院就会介入。
法院会根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。
例如，会综合考虑双方的经济状况、抚养能力以及生活环境等多方面因素。
一般而言，法院可能会判决一方抚养一个孩子，不过也会结合实际情况，如一方的抚养条件明显优于另一方等，作出其他合理的判决。

案情回顾:

小朱和小丽未领结婚证生育了两个孩子，后因感情破裂分开，就孩子抚养权产生争议。哺乳期内，小丽患有久治不愈的传染性疾病，小朱要求获得哺乳期内孩子抚养权。哺乳期后，双方协商不成，小朱和小丽诉至法院，都希望获得孩子抚养权。

案情分析:

1、对于哺乳期内的孩子，一般随母方生活，但小丽患有久治不愈的传染性疾病，可能威胁孩子健康，而小朱若有更适宜抚养条件，抚养权判给小朱更为合适。
2、哺乳期后双方协商不成诉至法院，法院会按最有利于未成年子女原则判决，综合考虑双方经济状况、抚养能力、生活环境等，可能判一方抚养一个，也会结合实际作出其他合理判决。