关于离婚协议中孩子抚养权的分割问题，具体遵循以下原则：
一、哺乳期内子女的抚养权归属
通常情况下，哺乳期内的子女会随哺乳的母亲抚养。
这是考虑到哺乳期的孩子对母亲的生理和心理依赖较强，母亲的照料更有利于孩子的成长。
然而，如果母亲存在一些不宜抚养孩子的情形，比如患有严重的传染性疾病，可能会对孩子的健康造成威胁；或者母亲不尽抚养义务，对孩子缺乏关爱和照顾等，在这种情况下，孩子的抚养权可能就不会判给母亲。
二、哺乳期后子女的抚养权确定
对于哺乳期后的子女，要从有利于子女身心健康、保障其合法权益出发，综合考虑父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况来妥善解决。
另外，如果子女随一方生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的，这一方也可优先获得抚养权。
三、尊重子女意见
当子女已满八周岁时，应当尊重其真实意愿。
因为八周岁以上的孩子已经有了一定的认知和判断能力，他们对自己跟随哪一方生活可能有自己的想法。
双方可依据上述原则在离婚协议中协商确定抚养权归属，同时明确另一方的探视权及抚养费的支付等相关事项。
若协商不成，则由法院进行判决。

案情回顾:

小朱和小李协议离婚，争议焦点在孩子抚养权上。孩子尚在哺乳期，小朱称自己能更好照顾孩子要求抚养权，但小李指出小朱患有严重传染性疾病，认为自己更适合抚养。

案情分析:

1、根据哺乳期内子女抚养权归属原则，通常随哺乳母亲抚养。但小朱患有严重传染性疾病，可能威胁孩子健康，这种情况下抚养权判给小朱可能不利于孩子成长。
2、若孩子哺乳期后，若一方如小李做了绝育手术，再生育可能性低，在争取抚养权时可优先考虑。同时，若孩子随某一方生活久，改变环境不利成长，该方也有优先抚养权。
3、若孩子满八周岁，应尊重其真实意愿，其想法会成为确定抚养权的重要参考。