通常来讲，法院在判决两个男孩的抚养权时，主要会依照以下这些原则：
首先，始终以有利于子女的身心健康为首要考量，全力保障子女的合法权益。
这是最根本的出发点。
对于两周岁以下的子女，一般会让其随母方生活。
不过，要是母方出现以下情形，那就可以随父方生活：其一，母方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，这种情况下子女跟母方一起生活不太适宜；其二，母方具备抚养条件却不尽抚养义务，而父方希望子女随其生活；其三，由于其他原因，子女确实无法跟母方生活。
当面对两周岁以上的未成年子女时，如果父方和母方都要求子女随自己生活，那其中一方若有以下情形，就可能会被优先考虑：一是已经做了绝育手术或者因为其他原因丧失了生育能力；二是子女跟随其生活的时间比较长，要是突然改变生活环境，对子女的健康成长会产生明显不利的影响；三是自己没有其他子女，而另一方却有其他子女；四是子女跟随其生活对子女的成长有利，然而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者存在其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。
在父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活产生争执时，应当充分考虑该子女自己的意见。

案情回顾:

小朱和小李离婚，就两个儿子的抚养权产生争议。小朱主张两个孩子都归自己，称小李有传染病不利孩子成长；小李则称自己带大儿子时间长，换环境对孩子不利。此外，小朱已绝育，小李还有其他子女，且十周岁的小儿子表示想跟小朱。

案情分析:

1、对于两周岁以下的小儿子，虽小李称带大儿子时间长，但小朱已绝育且小儿子表示愿随小朱，同时小李有传染病，从有利于子女身心健康角度，小儿子抚养权可能归小朱。
2、对于两周岁以上的大儿子，小李带其生活时间长，改变环境不利成长，且小朱有绝育情况、小李有其他子女，综合考量，大儿子抚养权可能归小李。
3、十周岁小儿子有自己的意见，法院会充分考虑其意愿，倾向于将其判给小朱。