如果在协议离婚时没有对抚养权问题作出明确说明，可参考以下方法来处理：
一、协商补充协议
离婚后，夫妻双方可以针对抚养权问题展开协商。
在协商过程中，要全面、细致地考虑到与孩子抚养相关的各个方面。
首先，明确孩子抚养权的归属，确定由哪一方直接抚养孩子。
其次，对于抚养费的支付问题要协商清楚，包括抚养费的具体金额、支付的方式（如按月支付、按年支付等）以及支付的周期等。
再者，探视权也是重要的一环，要确定非直接抚养方探视孩子的时间、地点、频率等具体事项。
当双方就这些问题达成一致意见后，签订补充协议。
该补充协议与离婚协议具有同等的法律效力，双方都应严格遵守。
二、协商不成起诉解决
若双方经过充分沟通和协商后，仍然无法就抚养权问题达成一致意见，那么任何一方都有权向法院提起诉讼，请求法院对孩子抚养权的归属作出判决。
法院在审理此类案件时，会综合多方面因素进行考量。
例如，孩子的年龄是重要参考因素之一，一般来说，两周岁以下的子女，以由母亲直接抚养为原则，因为这个阶段的孩子通常更需要母亲的照料。
而对于已满八周岁的孩子，应当尊重其真实意愿，充分考虑孩子自身的想法和选择。
此外，法院还会考察双方的抚养能力和抚养条件等，按照最有利于未成年子女的原则作出公正的判决。

案情回顾:

小朱和小李协议离婚时未明确抚养权问题。之后双方协商，在抚养权归属、抚养费支付及探视权等方面产生分歧，未能达成补充协议。小朱遂向法院起诉，请求判决孩子抚养权归属。

案情分析:

1、双方起初协商时，应全面细致考虑孩子抚养相关各方面，但在关键问题上存在分歧导致无法签订补充协议。
2、小朱起诉后，法院会综合考量。若孩子两周岁以下，原则上判归母亲抚养；若已满八周岁，会尊重孩子真实意愿。同时，还会考察双方抚养能力和条件，按最有利于未成年子女原则判决。