当抚养权归男方但由女方实际抚养时，可按以下步骤办理相关事宜：
一、协商一致
男女双方需要进行充分的沟通和协商，就变更抚养方式达成一致意见，并形成书面协议。
在协议中，要明确写明抚养权依旧归属于男方，而女方承担起实际抚养孩子的责任。
同时，对于抚养费的支付问题，需详细约定支付的金额、支付的周期（例如每月几号支付、是按月支付还是按季度、年度支付等）以及支付方式（如银行转账、现金交付等）。
关于探视权，也要作出具体安排，比如男方探视孩子的时间（每周探视几次、具体是哪几天、每次探视时长等）、探视地点等相关事项，确保双方的权利和义务都清晰明确。
二、公证（非必需）
双方可以根据自身需求，选择将达成的协议进行公证。
公证能够进一步增强协议的法律效力，使其在法律层面上更具权威性和公信力。
不过需要注意的是，公证并非法定的必经程序，即使不进行公证，只要协议内容符合法律规定，同样具有法律效力。
三、通知相关方
若孩子在学校、幼儿园等机构就读或学习，这些机构需要了解孩子的抚养情况以便配合相关事宜。
此时，男女双方应及时将变更后的抚养安排以书面或其他合适的方式通知这些机构，让他们知晓孩子的实际抚养人变更为女方，以便在日常学习、生活等方面给予相应的配合和支持。
这种抚养安排要始终把有利于孩子的健康成长放在首位。
若后续出现争议或者情况发生重大变化，任何一方都有权依法向法院提起诉讼，请求对抚养安排进行调整。

案情回顾:

小朱和小李离婚后，抚养权归小朱，但孩子实际由小李抚养。双方协商形成书面协议，明确抚养权归属、抚养费支付及探视权安排，但对探视时长有争议。之后小李想公证协议，小朱却认为没必要。通知学校时，小朱觉得没必要书面通知引发分歧。

案情分析:

1、关于探视时长争议，双方应从有利于孩子成长角度重新协商，明确具体时长，确保男方探视权合理行使。
2、对于协议公证问题，公证虽非必需，但能增强协议效力，双方应尊重彼此意愿，协商是否公证。
3、通知学校方面，书面通知更正式规范，利于学校配合，双方应统一意见采取合适方式通知。