通常来讲，法院在判决子女抚养权时遵循“最有利于子女的原则”。
当两个孩子分别被判给父母一方后，倘若其中一方的孩子不愿跟随，这就要求父母双方展开沟通与协商。
父母首先应当尽量尊重孩子的意愿，因为孩子的想法往往能反映他们内心的感受。
然而，除了孩子的意愿，还需考虑孩子的年龄、性别以及生活习惯等多方面因素。
像年龄较小的孩子，他们的意愿可能尚未完全成熟，此时父母就不能仅仅依据孩子的意愿来做决定，而要结合实际情况进行合理安排。
若父母双方无法就孩子不愿跟随一方的问题协商达成一致，那么可以向法院申请变更抚养权。
不过，变更抚养权是有法定条件的，比如一方的抚养条件发生了重大变化等。
总之，无论遇到何种情况，都应以孩子的利益为首要考量。
通过耐心的沟通协商或者合法的法律途径，来妥善解决孩子不愿跟随一方的这个棘手问题，让孩子能够在最有利于他们成长的环境中生活。

案情回顾:

小朱和小李离婚后，两个孩子分别判给双方，但其中一个孩子不愿跟随小李生活。小朱主张尊重孩子意愿变更抚养权，小李则认为应综合考虑多因素，双方就孩子抚养权变更问题产生争议，无法协商一致。

案情分析:

1、法院判决抚养权遵循“最有利于子女原则”，孩子的意愿能反映其内心感受，应尽量尊重，但孩子年龄小意愿不成熟时，不能仅据此决定。
2、本案中，除孩子意愿外，还需考虑孩子年龄、性别、生活习惯等因素，若双方协商不成，可向法院申请变更抚养权，但需符合法定条件，如一方抚养条件发生重大变化等。