夫妻分居期间，他们的共同财产在原则上依然由双方共同共有。
这就意味着这些财产是属于夫妻双方共同拥有的资产，谁都不能单独处置。
在具体的处理过程中，夫妻双方可以通过协商来决定如何管理和使用这些共同财产。
如果双方能够达成一致意见，那就按照协商的结果来执行。
然而，如果协商不成，一般情况下应该保持现状，也就是让这些共同财产维持原来的状态，等夫妻关系最终确定下来之后再进行处理。
比如说房产这类不动产，在分居期间仍然是夫妻双方共同所有的，其中一方绝对不可以擅自对其进行处分，否则就是违反了共同共有的原则。
而对于存款等动产，夫妻双方可以协商确定各自使用的份额，这样既能保证双方的需求，又能避免不必要的冲突。
不过，在对外承担债务方面，仍然需要以夫妻共同财产来进行清偿，这是为了保障债权人的合法权益。
需要特别注意的是，如果在分居期间，一方有故意转移、隐匿共同财产等行为，那么另一方在离婚时可以主张该行为无效，并且要求对被转移、隐匿的财产进行重新分割。
这是为了维护另一方的合法权益，防止一方在分居期间私自处置共同财产而导致另一方的利益受损。
总之，在分居期间，夫妻双方应该尽量保持对共同财产的妥善管理和合理使用，通过协商等方式避免后续可能出现的纠纷，以确保双方的合法权益不受侵害。

案情回顾:

小朱和小丽夫妻分居，在共同财产处置上产生分歧。小朱未经小丽同意，欲擅自出售二人共有的房产，小丽坚决反对。且小朱还疑似有转移部分存款的行为，小丽对此极为不满，双方矛盾升级。

案情分析:

1、小朱擅自出售房产的行为违反了夫妻分居期间共同财产共同共有的原则，房产作为共同财产，任何一方都不能单独处置。
2、若小朱存在转移存款行为，小丽在离婚时可主张该行为无效，并要求对被转移的财产重新分割，以维护自身合法权益。