夫妻在共同使用公积金还款期间，如果后来离婚了，通常会有以下这些处理办法：
协商确定：夫妻双方可以坐下来好好商量，决定由其中一方继续承担还款责任，也可以考虑通过把房产出售等方式来处理贷款。
要是双方能够达成一致意见，那就一定要签订一份书面的协议，把还款责任等各项事宜都明确清楚，这样能避免后续可能出现的纠纷。
法院判决：要是双方协商不下来，就可以向法院提起诉讼。
法院会依据具体的实际情况来作出判决，比如判决由某一方继续还款，那么未还款的那一方就需要承担相应的责任；或者判决把房产出售，用出售房产所得的款项来清偿贷款等。
不管采用哪种方式，都必须及时去办理相关的变更手续，像是变更还款人的信息等，只有这样才能防止后续出现还款方面的纠纷。
并且，在整个过程中，要特别注意留存相关的证据，像离婚协议、法院的判决等，这些证据能够很好地保障自身的合法权益，让自己在处理公积金还款相关事宜时更加有底气。

案情回顾:

小朱和小李是夫妻，他们共同使用公积金还款。后来两人离婚，对于公积金还款的处理产生争议。小朱想继续承担还款责任并保留房产，但小李不同意，双方无法协商一致。于是小朱向法院提起诉讼。

案情分析:

1、按照规定，夫妻协商不成时可由法院判决。法院需根据实际情况判决，可能判定小朱继续还款，小李承担相应责任，或者判决出售房产清偿贷款。
2、双方应及时办理还款人信息等变更手续，并且注意留存离婚协议、法院判决等相关证据，以保障自身合法权益。