当离婚时遇到房子有协议但房贷尚未还清的情况，通常会按照以下步骤来分配：首先，一定要以离婚协议的约定为首要依据去确定房屋的归属。
假如离婚协议明确规定房屋归某一方所有，那么这一方就有责任承担起剩余的房贷债务。
与此同时，该方还得向另一方支付房屋的折价款，这个折价款的数额通常是房屋市场价值的一半再减去尚未还清的贷款余额。
要是离婚协议约定的是将房屋出售后再分割价款，那么在还清房贷之后就可以按照约定进行房屋出售。
出售房屋所得的价款，在扣除掉贷款等相关费用之后，就按照协议中所约定的比例分配给双方。
这里需要特别注意的是，具体的分配方式不能一概而论，必须要根据实际的情况以及相关的法律规定进行综合判断。
如果离婚协议的约定不够明确，或者在分配过程中出现了争议，那么很可能就需要通过诉讼等方式来解决，以确保双方的合法权益都能得到妥善的保障。