在离婚协议中涉及到房贷尚未偿还完毕且尚未获得产权登记证明的房产问题时，司法机关通常会采取如下的处理措施：
首先，法院有权将该处房产判定由相关当事人继续持有和使用。
这是因为尽管购房者尚未获得产权登记证书，但根据与开发商之间的合同约定，他们仍然享有对该房产的使用权。
然而，法院在此种情况下所作出的判定并不会对房产的实际使用者施加任何限制。
其次，在房贷全部偿清并成功取得房屋所有权之后，若双方仍无法就产权分配达成共识，则可选择向法院提出新的诉讼请求。
当然，如果双方在尚未取得产权证的房产问题上并无其他争议，同时也能够就产权分配达成一致意见，那么人民法院便有权力直接对此类房产的所有权归属做出裁决，无需等待产权登记证书的颁发。
此外，由于离婚过程中房贷尚未偿还完毕，因此夫妻双方在法律层面上仍需承担相应的债务责任。

《民法典》第一千零八十五条__离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。
负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；
协议不成的，由人民法院判决。
前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。