1.首先要明确，房产是属于双方共同拥有的。
这意味着，不管房产证目前在谁的手里，你都拥有与之相应的权益。
这是基于房产的共有性质所决定的，无论其证件的实际掌控情况如何，你的权益都不会被剥夺。
2.倘若对方不愿意配合办理与房产相关的各种事务，比如房产过户、抵押等，此时你完全可以向法院提起诉讼。
通过法律手段来请求对房产进行分割，让自己应得的部分得到保障。
3.在进行诉讼的过程中，你必须要提供诸如购房款支付的相关证据。
这些证据可以是银行转账记录、现金支付的凭证以及相关的合同等，通过这些证据来有力地证明你在购买房产过程中所做出的贡献。
只有这样，法院在审理案件时才能更加公正地进行判断。
4.法院会依据实际的情况来进行仔细的审理和判决。
有可能会判决房产归其中一方所有，同时根据双方的贡献比例等因素，给予另一方相应的经济补偿。
另外，也有可能将房产进行变卖或者拍卖，然后按照一定的比例分割所得的价款。
5.在这个诉讼期间，你可以及时向法院申请对房产进行保全。
这样可以防止对方擅自对房产进行处置，比如转让、抵押等行为，从而确保你的权益不会受到进一步的损害。
总之，虽然房产证在对方手中这一情况可能会给你带来一些困扰，但你依然拥有合法的权益。
通过合理利用法律途径，你完全可以有效地维护自己的利益。

案情回顾:

小朱和小李共同拥有一处房产，房产证在小李手中。后小朱想办理房产过户，小李却不愿配合。小朱拟起诉分割房产，但担心自身权益受损，且不知法院会如何判决，双方就房产分割产生争议。

案情分析:

1、尽管房产证在小李手里，基于房产共有性质，小朱的权益不会被剥夺，其有权主张自身对房产的相应权益。
2、若小李不配合房产相关事务，小朱有权起诉要求分割房产，以保障自己应得部分。
3、诉讼中，小朱需提供购房款支付证据，如转账记录、支付凭证、合同等，辅助法院公正判断。
4、法院会根据实际情况判决，可能判房产归一方，给另一方补偿；也可能变卖、拍卖房产后分割价款。
5、诉讼期间，小朱可申请房产保全，防止小李擅自处置房产，维护自身权益。