运输烟草的价值超过五万的，没收违法运输的烟草和违法所得。
根据相关法律规定，在省、自治区、直辖市内跨市、县运输烟草专卖品，应当凭省级烟草专卖行政主管部门或其授权的机构签发的烟草专卖品准运证办理托运或者自运。

《中华人民共和国烟草专卖法》第五十四条
有下列情形之一的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得：
1.非法运输的烟草专卖品价值超过5万元或者运输卷烟数量超过100件的；
2.被烟草专卖行政主管部门处罚两次以上的；
3.抗拒烟草专卖行政主管部门的监督检查人员依法实施检查的；
4.非法运输走私烟草专卖品的；
5.运输无烟草专卖生产企业许可证的企业生产的烟草专卖品的；
6.利用伪装非法运输烟草专卖品的；
7.利用特种车辆运输烟草专卖品逃避检查的；
8.其他非法运输行为，情节严重的。