当遇到合同纠纷且对方已注销公司时，我们可以这样处理。
其一，务必要仔细查明该公司在注销过程中的清算情况。
这其中包括查看是否有遗留下来的债务未处理完毕，以及明确责任的承担主体究竟是谁。
倘若清算主体没有按照法律规定履行其清算的义务，从而使得债权人的合法权益遭受了损害，那么此时债权人就有权向法院提起诉讼，要求清算主体在其清算的范围内承担相应的赔偿责任。
其二，我们可以通过公司的注销登记资料等一系列相关文件去寻找其他可能承担相关责任的主体，像公司的股东等。
一旦发现相关证据，就可以要求这些主体对公司的债务承担连带的清偿责任。
并且，如果能够充分证明对方在注销公司的过程中存在恶意逃避债务等不良行为，那么我们就可以向法院主张撤销其注销公司的行为，以此来维护自身的合法权益。
总之，在面对这种情况时，一定要及时采取有效的法律措施，切不可掉以轻心。
但需要注意的是，具体的处理方式必须要结合实际的合同内容以及相关的证据来进行综合的判断和妥善的处理，以确保我们的权益能够得到最大程度的保障。
案情回顾:
小朱与小李的公司签订了合同，后小李的公司注销。小朱认为小李公司的注销可能损害自己权益，在查看清算情况时发现有遗留债务未处理。小朱怀疑清算主体未依法履行义务，且觉得股东可能需担责，还怀疑小李公司注销有恶意逃债行为，引发争议。
案情分析:
1、若清算主体未依法清算损害小朱权益，小朱可诉请其在清算范围内赔偿。
2、若有证据表明股东应担责，小朱可要求股东连带清偿。
3、若能证明小李公司恶意逃债，小朱可主张撤销注销行为维护权益。