注销公司需要进行公司业务清算，如果丢失了，公司依然会进行注销，可以申请上报处理。
公司注销后，会计凭证、账簿等会计资料不可以擅自销毁，可以移交给终止单位的业务主管部门或财产所有者代管或移交有关档案馆代管。
单位因撤销、解散、破产或者其他原因而终止的，在终止和办理注销登记手续之前形成的会计档案，应当由终止单位的业务主管部门或财产所有者代管或移交有关档案馆代管。

《中华人民共和国公司法》第二百零四条
公司在合并、分立、减少注册资本或者进行清算时，不依照本法规定通知或者公告债权人的，由公司登记机关责令改正，对公司处以一万元以上十万元以下的罚款。
公司在进行清算时，隐匿财产，对资产负债表或者财产清单作虚假记载或者在未清偿债务前分配公司财产的，由公司登记机关责令改正，对公司处以隐匿财产或者未清偿债务前分配公司财产金额百分之五以上百分之十以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以一万元以上十万元以下的罚款。