医疗机构首席执行官变更流程如下：
首先应当向相关登记机关提出申请以办理变更登记手续，同时需附上医疗机构关于变更登记注册的书面报告文件、详述申请变更登记事宜的具体原因和缘由的说明文档等相应材料；当登记机关收到变更登记申请并予以受理之后，将会对申请内容进行全面深入地审核；最终将做出予以核准变更登记或否决变更登记请求的决策。

《医疗机构管理条例实施细则》第三十条
医疗机构变更名称、地址、法定代表人或者主要负责人、所有制形式、服务对象、服务方式、注册资金（资本）、诊疗科目、床位（牙椅）的，必须向登记机关申请办理变更登记，并提交下列材料：
（一）医疗机构法定代表人或者主要负责人签署的《医疗机构申请变更登记注册书》；
（二）申请变更登记的原因和理由；
（三）登记机关规定提交的其他材料。