企业合同纠纷的处理方式：协商；调解；仲裁；诉讼。
最佳方式是双方相互协商解决纠纷；若双方无法协商一致，可以通过第三方说服、教育进行调解；无法协商的，可以就双方产生纠纷前后达成的仲裁协议，提交到仲裁机构进行仲裁；若没有仲裁协议，任何一方可以向人民法院提起诉讼。因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。