在法院起诉打架的情况下，是否会排除正当防卫这一情形，需要根据具体的案件事实和证据来判断。
正当防卫是指为了使国家、公共利益、本人或者他人的人身、财产和其他权利免受正在进行的不法侵害，而采取的制止不法侵害的行为，对不法侵害人造成损害的，属于正当防卫，不负刑事责任。
然而，在实际的诉讼过程中，要证明自己的行为属于正当防卫并非易事。
需要明确当时的情境，包括双方的行为、言语以及引发冲突的原因等。
如果能够清晰地证明自己是在面临不法侵害且采取的防卫行为在合理的限度内，那么法院一般会认定为正当防卫，不会对其进行起诉或追究刑事责任。
但如果无法充分证明自己的行为是正当防卫，例如防卫行为明显超过必要限度，或者是故意挑起冲突后再进行所谓的“防卫”，那么法院就可能不会排除正当防卫的考量，而是根据具体情况进行综合判断，以确定是否构成犯罪以及应承担的法律责任。
总之，在法院起诉打架的案件中，正当防卫的认定是一个复杂且需要具体情况具体分析的问题。