包庇罪所损害的核心权益在于司法机关正常的刑事诉讼程序运作。
此类犯罪行为一旦实施，将使得司法机关面临极大的困难来准确查实犯罪真相，从而严重损害司法机关的公正性与权威性。
例如，当行为人明知他人已经触犯法律却仍为其提供虚假证明以掩饰其罪行，或者协助罪犯隐藏或销毁证据等行为，均直接侵犯了上述核心权益。

《中华人民共和国刑法》第三百一十条
【窝藏、包庇罪】明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。
犯前款罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。