妨碍公务罪将被留有案底，原因在于此项罪行性质严重，罪名归类于刑事犯罪范畴。
对于任何涉及刑事犯罪的案件，犯罪者的个人档案材料都会被保存在司法机关中的专门档案室中。
这些记录还会被分别录入公检法三部门的相关信息系统之中。
值得注意的是，人民检察院对于刑事诉讼相关的档案，必须进行最少长达30年的妥善保管。

《中华人民共和国刑法》第二百七十七条
以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。