当涉及到男性犯罪嫌疑人被指控犯有强奸罪名却坚决予以否认的情况下，司法机关将严格依照法律程序展开深入细致的调查工作，其中包括搜集相关证据、对目击者和相关人员进行详细的询问以及对案发现场进行全面而精确的勘验等环节。在经过严谨的取证过程后，若证据链条完整且确凿无疑，即便被告人坚持否认其罪行，司法机关仍有权根据已掌握的证据向法院提出正式起诉。最终，法院将通过公开公正的庭审程序来判定被告人是否确实构成了犯罪行为。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条：对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。