根据相关法律法规，在获得取保候审批准后并自愿认罪认罚、最终却未能进行起诉的案件，通常情况下是不会留下所谓的“案底”的。
这主要是因为，“不起诉”便意味着涉案人员并没有得到法院的最终判定有罪。
而对于具体的操作流程而言，犯罪嫌疑人和其律师应该尊重和遵守相关的法律规定，尽全力地与检察机关密切合作，以共同推进整个案件进程的进展。
如果检察机关经过认真审查后最终作出了不起诉的决定，也会向相关人士发出具有法律效力的明确决定书，以示公正和规范。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。