指派保全居住期一经结束，其被公诉的可能性则完全取决于案件本身的特殊性质以及侦查负责部门所握有的证据水平。
基本上来说，若是在此期间侦查机关搜集到充足的证据以至于足以证明该名犯罪嫌疑人确实存在违法行为，那么即使指派保全居住期已经告一段落，他仍将面临公诉。
然而，如果证据严重缺失，或者犯罪情节极其微小且对社会造成的危害较轻，无法被认定为犯罪的，那么他很可能无法被公诉。
依据《中华人民共和国刑事诉讼法》中的相关规定：人民检察院在审查案件过程中，如遇需要进行补充侦察之情况，既可退回公安机关进行补充调查，亦能自行进行调查工作。
对于此类补充调查的案件，应在一个月内完成补充调查工作。
补充调查次数最多不得超过两次。
若经过两次补充调查之后，人民检察院依然认为证据不足，不符合公诉条件的，应当做出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条
【补充侦查】人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。