公安机关办理刑事案件的程序如下：
1、对于控告、举报的材料，应按照管辖范围，迅速进行审查；
2、认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；
3、提请检察院批准逮捕；
4、对于侦查终结的案件，移送检察院审查起诉。

《刑事诉讼法》第一百一十二条人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；
认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。
控告人如果不服，可以申请复议。