在正常情况下，若房产持有人仅持有房产证书而缺失土地使用权证明文件，在面临拆迁问题时，补偿方案将结合多项因素进行综合考量确定。
其中较为常见的考量因素有住宅面积、建筑设计以及使用寿命等。
同时，补偿金额中也包含了对住宅本身价值的认可，还有针对搬迁及安置进行的补偿费用，同样包括短期住房安置所需产生的补贴。
关于具体的补偿标准与形式，则应参照地方政府公布的拆迁政策以及相关法律法规来执行。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。