1、拆除小产权房应当按照国家赔偿法和房屋征收与补偿条例的规定进行赔偿。
2、小产权房是在集体土地上建造的房屋，是没有国家房管局发放的产权证书的，不能自由转让，
3、但是，对于原始房屋所有权人也是需要进行拆迁补偿的，按照拆迁补偿的标准进行补偿。

《中华人民共和国土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；
已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；
已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。